Etiquetas
ADN, DNA, genética, genealogia
Tomado de: https://www.broadinstitute.org/blog/new-project-aims-put-together-new-pieces-genetic-variability-puzzle.
TRIANGULAR es el proceso de comparar el ADN que tienen en común al menos tres personas, para verificar si todos comparten ese ADN a lo largo del mismo segmento o en segmentos que se sobreponen, en un cromosoma en particular; y posteriormente comparar sus árboles genealógicos con la finalidad de localizar un ancestro o ancestros comunes a todos.
Es decir, este proceso completo tiene un componente técnico, un componente genético y un componente genealógico, este último depende de lo que usted tenga y encuentre, y de la colaboración entre genealogistas.
Cuando el segmento compartido es de un tamaño significativo, este ADN indica que las personas pueden haber heredado este segmento de un ancestro común, es decir, es en principio, un segmento IBD (“identical by descent”); el siguiente ejemplo es ilustrativo de este aspecto, al mostrar en color rojo un fragmento igual de ADN en tres generaciones:
Tomado de: https://cooplab.github.io/popgen-notes/.
Un grupo triangulado está conformado por las personas que han tomado el test de ADN autosómico, con al menos un segmento de 7 cM de su ADN (o 1 Mbp o 1,000,000 pares de bases) que coincide entre ellos y trabajan juntos para identificar si esto podría ser explicado por un ancestro común a todos; en segmentology.org recomiendan que el segmento de ADN a analizar sea mayor de 15 cM (este es el promedio aproximado de centimorgans que se comparte con cada abuelo 5° o 6°).Cuando varios “matches” de un grupo triangulado están de acuerdo en cuál es el Ancestro Común que comparten, entonces tenemos una TRIANGULACION GENEALÓGICA!
Para armar este “rompecabezas” ayuda mucho si tenemos claramente identificado el ADN de algunos primos o parientes cercanos y su genealogia, para poder diferenciar si las coincidencias trianguladas pertenecen a la línea materna o paterna, y mejor aún, si se conocen las líneas genéticas de cada uno de los 4 abuelos.
En este tema hay que tener en cuenta que la endogamia ancestral incrementa la cantidad de ADN que se comparte, dando la idea de que un ancestro común está cercano, cuando en realidad puede estar más lejos, lo que pasa es que su ADN se repite una y otra vez; y que familias grandes, ancestros comunes más distantes, comunidades coloniales de américa y comunidades endogámicas, generan una mayor cantidad de matches o coincidencias genéticas.
Ahora bien, utilizando un ejemplo personal, voy a mostrar los pasos a seguir en este proceso:
- ORGANIZAR UNA HOJA DE CÁLCULO
Para comenzar a jugar con este rompecabezas, debemos organizar en una hoja de cálculo los datos de las coincidencias genéticas que nos son reportadas. Es útil tener los nombres completos (de quien se hace el exámen, de quien coincide con nuestro exámen y de quien administra el kit), dirección del contacto o administrador del kit, cromosoma, “start location”, “end location”, centimorgans, SNPs, ancestro común presumible o confirmado y otros datos, si los hay, como: nombre o número de otros kits en otras empresas, fecha del match, si está disponible la información genealógica o archivo gedcom y en dónde, y anotaciones adicionales.
2. REVISAR LOS DATOS DE SU HOJA DE CÁLCULO
Utilice los filtros, revise si hay nombres conocidos por usted, email repetidos que puedan indicar una sola persona que administra ADNs de un grupo familiar, coincidencias cromosoma por cromosoma, dónde comienzan los segmentos de ADN compartido, cantidad de cM totales y mayores de 15, si comparten ADN en el cromosoma X, si comparten el mismo ADN mitocondrial o del cromosoma Y, etc. etc. Busque patrones y puntos para investigar y tome sus notas.
Tenga en cuenta cuando le reportan un “match Group” o grupo coincidente, que esto significa que las personas que están en ese grupo, coinciden con usted. No implica que coincidan también entre ellos. Y como se tienen dos lados de cada cromosoma, uno paterno y uno materno, es muy factible que usted tenga coincidencias de ambas líneas, mezcladas en estos grupos. Puede darse el caso de varias personas que coinciden con usted en el mismo segmento, pero una de ellas no coincide con los otros, que digamos son sus parientes cercanos que con certeza son de una línea conocida por usted; en este caso esto significa que la coincidencia es por la otra mitad de su línea genética (materna/paterna). Esto se llama HIR (Half Identical Regions) o una región que es mitad idéntica.
Si usted mira la lista que se genera con el nombre “in Common With” (ICW) usted está frente a personas que coinciden entre sí, pero no sabe si coinciden en los mismos segmentos de cada cromosoma.
No se debe asumir que personas que coinciden en el comienzo y fin de un segmento de ADN son un “match” entre ellos mismos; o que coinciden en la mismo línea materna o paterna.
3. PROCEDER A TRIANGULAR:
Como ejemplo, al mirar cromosoma por cromosoma en la hoja de calculo, encontré dos personas que coincidían en mi cromosoma 10, en una cantidad mayor de 33 centimorgans y quise mirar si coincidían en mas zonas, así que los grafiqué, encontrando que comparten un total de centimorgans significativo conmigo (persona “O”: 242,74cM y persona “B”: 166.26) distribuídos de la siguiente manera en los 22 pares de cromosomas y en el X:
Además me dí cuenta que comparten conmigo otros fragmentos de ADN. Esto lo visualicé en el Chromosome Browser de Family tree dna (nota: no se guíen por los colores pues estos no coinciden, son al revés):
Tomado de ftdna; chromosome browser
Identifiqué y formé un Grupo Triangulado para el cromosoma 10 ya que mis dos “matches” coinciden entre sí en el mismo sitio, o sea, analicé si realmente al menos estas tres personas, comparten ADN a lo largo del mismo segmento o en segmentos que se sobreponen, en un cromosoma en particular, con el siguiente resultado en la hoja de excel y en la herramienta “Triangulator” de Family Tree DNA, que facilita mucho este análisis:
Además la herramienta “Triangulator” me dá también esta información: la persona “B” y la persona “O”, son primos en 2° a 3° grado de C. Naranjo, o sea que podrían tener un abuelo segundo -bisabuelo- o tercero -tatarabuelo- en común. Y entre la persona “B” y la “O”, el parentesco podría ser entre 2° y 4° grado (hasta un abuelo cuarto).
HICE LA TRIANGULACIÓN GENÉTICA!!… y ahora????
Buscando mis notas sobre la persona “O”, no tengo más información, pero de la persona “B” encuentro que tiene un árbol genealógico en un sitio público, y procedo a mirarlo y comparar nuestros datos, de los cuales solo presento las generaciones 6 y 7, completada en fuentes secundarias. Utilizo esta tabla, cuya idea tomé del sitio http://www.debbiewayne.com porque me parece muy útil distinguir al mismo tiempo la línea que se hereda por el cromosoma X:
El sitio geográfico en Colombia de donde proceden las ramas ancestrales de las personas de esta tabla, es la región “paisa” de Antioquia y el Viejo Caldas, la cual se caracteriza por haber sido una región poblada tardíamente en relación con la colonización del resto del país, y que permaneció aislada geográficamente por muchos años, facilitando un alto nivel de matrimonios endogámicos.
Esa probablemente sea la explicación para que en la tabla de ancestros veamos en la generación No.7 de abuelos quintos (hacia 1760, es decir hace casi 160 años) muchos apellidos similares y repetidos, y parentazgos entre las mismas familias, además de procedencias conocidas (para quien sabe de este tema por ejemplo, en ésa época las poblaciones de Antioquia eran Santafé de Antioquia, Medellín, Rionegro y Marinilla) y la razón por la que no podamos definir específicamente un ANCESTRO COMÚN MÁS RECIENTE que coincida con lo que sugiere Family Tree DNA (primos segundos o terceros) pues deberíamos encontrar genealógicamente un bisabuelo o tatarabuelo común.
Más bien lo que se demuestra es que se tienen fragmentos de varios ancestros comunes más atrás y que su ADN se repite y repite en varios de sus descendientes. El siguiente ejemplo ilustra un caso parecido; el ADN de la primera generación (“M. Grandad”) pasa a dos de sus hijas (“Mum” y “Aunt”) , quienes pasan ese fragmento a la tercera generación y en la cuarta se manifiesta en una mayor cantidad. Es el efecto de la endogamia.
Créditos: https://cooplab.github.io/popgen-notes/.
Habrá que seguir intentando la triangulación con otros coincidentes en este mismo segmento de ADN, y revisando sus genealogías…. es un rompezabezas aún por completar!
Créditos de : Natasha Hanacek. En: https://www.nist.gov/topics/dna-biological-evidence
BIBLIOGRAFIA
http://www.DNAeXplained.com Genetic Genealogy Concepts.
- Match Groups and Triangulation.
- Introducing the Triangulator.
- Why genetic genealogy and triangulation?
- Triangulation for autosomal DNA
Gedmatch. Segment triangulation tool.
International Society of Genetic Genealogy, ISOGG.
